编辑推荐
《微生物基因组》可供从事微生物学、基因组学、病理学、生态学、酶学、蛋白质组学、植物病理学等领域的研究生、教师和研究人员阅读。
作者简介
作者：（美国）C.M.弗雷泽（Claire M.Fraser） （美国）T.D.里德（Timothy D.Read） （美国）K.E.纳尔逊（Karen E.Nelson） 译者：许朝晖 喻子牛
目录
译者的话
序
前言
编著者
第一部分：引言
1微生物基因组学的历史
第二部分：作为基因组学工具的生物信息学
2寻找基因和全基因组比较的工具
3TIGR的细菌基因组注释
5噬菌体生物信息学
第三部分：核心功能
6微生物代谢比较
7膜转运蛋白的基因组学分析
8用基因组学分析细菌细胞周期
第四部分：微生物基因组的进化
9原核生物的进化及分类简史
10细菌基因组如何变化
11基因组学时代的细菌生物多样性概念
12病原菌和共生菌与寄主的协同进化
第五部分：微生物基因组的调查
13植物病原菌基因组调查
14不产氧光合细菌
15嗜热微生物基因组
16病原肠细菌基因组
17专性细胞内病原体
18低G+C含量革兰氏阳性细菌基因组
19放线菌（G+，高G+C含量）基因组学
20寄生虫基因组学
21极端嗜盐古生菌基因组分析
第六部分：基因组数据库的应用
22微阵列表达分析和细菌基因组
23微生物种群基因组学与生态学
24基因组学在生物催化和生物降解中的应用
25酶的发现与微生物基因组学
26基因组学在药物发现过程中的整合
27基因组法开发疫苗
28微生物蛋白质组学
索引
文摘
版权页：
对未来开发毒力因子数据库最有用的途径之一是定义毒力相关属性，以及确立它们之间关系的本体论（ontology，一套确定的词汇）。由于毒力的复杂属性（依赖于许多因素），应该把有关毒力不同水平的基因功能，以及基因与环境间的相互作用一并考虑。只有当毒力基因数据库中的每个基因按照以上本体论进行归类，并详细描述某一毒力因子在致病过程中发挥作用应具备的条件，该数据库才具有价值。这样，对毒力因子同源物进行评价时，才能更准确地预测它们的真正作用，或者在毒力方面发挥作用应具备的条件。
其他寻找基因组中可能毒力因子的方法，就是检查被分析基因中是否有毒力因子的特有模体或蛋白质结构域。所采用的方法和利用的资源，如InterPro（提供PROSITE，Pfam，PRINTS，ProDom，SMART和TIGRFAMs的交互查询）在文献中有更详细的描述，这些资源大多不是用于鉴定与致病作用有关的基因，因此，在应用过程中应根据用户的兴趣进行特定分析。
值得注意的是，如果有了适当的数据库或对已知靶位点有彻底的了解，就很容易转变为寻找药物作用靶位点和疫苗的方法，这些方法的思路是：假如某种抗微生物药物能够结合到某特定蛋白上，那么，在另外一种类似微生物中，该蛋白的同源物也可能适合作为药物靶位点。因此，为了使这些方法能够在正确预测靶位点时有合理的准确性，需要建立适当的本体论。
不管是否能发现毒力因子或治疗靶位点，在序列相似性分析和模体分析过程中，应该谨慎行事，原因是还很少有关这些方法在发现新毒力基因方面的准确性评价，而且，某一基因可能在某一病原中是毒力因子，而在其他病原或不同环境中未必就是。但是，如下所述的一些研究表明，这些方法可以帮助挑选出那些值得进一步研究的基因，因此，这些方法还普遍采用，希望将来对这些方法进一步程序化和准确化。随着对越来越多基因组进行的分析，这些方法在分析不同基因家族的成功率会越来越高。
基因组比较法寻找致病岛及其相关序列
20世纪80年代后期，自致病岛（pathogenicity island，PAI）首次在泌尿道致病性大肠杆菌基因组中被发现和命名以来，研究微生物致病作用的很多实验室对致病岛进行了深入研究。致病岛涉及两个有趣的现象：细菌的致病作用和基因的水平转移（horizontal gene transfer，HGT）。很多与致病有关的基因都是成串排列，而且越来越多的证据显示，这些基因簇起源于基因的水平转移。致病岛的概念可以扩展到其他遗传组分，这些遗传组分具有致病岛结构特征，但与毒力无关，因此，这些组分统称基因组岛（genomic island），如次级代谢岛、抗生素抗性岛、分泌岛。所有这些遗传组分可为生物提供功能优势，致病岛中的致病基因能促使微生物成功地感染人体。
《微生物基因组》可供从事微生物学、基因组学、病理学、生态学、酶学、蛋白质组学、植物病理学等领域的研究生、教师和研究人员阅读。
作者简介
作者：（美国）C.M.弗雷泽（Claire M.Fraser） （美国）T.D.里德（Timothy D.Read） （美国）K.E.纳尔逊（Karen E.Nelson） 译者：许朝晖 喻子牛
目录
译者的话
序
前言
编著者
第一部分：引言
1微生物基因组学的历史
第二部分：作为基因组学工具的生物信息学
2寻找基因和全基因组比较的工具
3TIGR的细菌基因组注释
5噬菌体生物信息学
第三部分：核心功能
6微生物代谢比较
7膜转运蛋白的基因组学分析
8用基因组学分析细菌细胞周期
第四部分：微生物基因组的进化
9原核生物的进化及分类简史
10细菌基因组如何变化
11基因组学时代的细菌生物多样性概念
12病原菌和共生菌与寄主的协同进化
第五部分：微生物基因组的调查
13植物病原菌基因组调查
14不产氧光合细菌
15嗜热微生物基因组
16病原肠细菌基因组
17专性细胞内病原体
18低G+C含量革兰氏阳性细菌基因组
19放线菌（G+，高G+C含量）基因组学
20寄生虫基因组学
21极端嗜盐古生菌基因组分析
第六部分：基因组数据库的应用
22微阵列表达分析和细菌基因组
23微生物种群基因组学与生态学
24基因组学在生物催化和生物降解中的应用
25酶的发现与微生物基因组学
26基因组学在药物发现过程中的整合
27基因组法开发疫苗
28微生物蛋白质组学
索引
文摘
版权页：
对未来开发毒力因子数据库最有用的途径之一是定义毒力相关属性，以及确立它们之间关系的本体论（ontology，一套确定的词汇）。由于毒力的复杂属性（依赖于许多因素），应该把有关毒力不同水平的基因功能，以及基因与环境间的相互作用一并考虑。只有当毒力基因数据库中的每个基因按照以上本体论进行归类，并详细描述某一毒力因子在致病过程中发挥作用应具备的条件，该数据库才具有价值。这样，对毒力因子同源物进行评价时，才能更准确地预测它们的真正作用，或者在毒力方面发挥作用应具备的条件。
其他寻找基因组中可能毒力因子的方法，就是检查被分析基因中是否有毒力因子的特有模体或蛋白质结构域。所采用的方法和利用的资源，如InterPro（提供PROSITE，Pfam，PRINTS，ProDom，SMART和TIGRFAMs的交互查询）在文献中有更详细的描述，这些资源大多不是用于鉴定与致病作用有关的基因，因此，在应用过程中应根据用户的兴趣进行特定分析。
值得注意的是，如果有了适当的数据库或对已知靶位点有彻底的了解，就很容易转变为寻找药物作用靶位点和疫苗的方法，这些方法的思路是：假如某种抗微生物药物能够结合到某特定蛋白上，那么，在另外一种类似微生物中，该蛋白的同源物也可能适合作为药物靶位点。因此，为了使这些方法能够在正确预测靶位点时有合理的准确性，需要建立适当的本体论。
不管是否能发现毒力因子或治疗靶位点，在序列相似性分析和模体分析过程中，应该谨慎行事，原因是还很少有关这些方法在发现新毒力基因方面的准确性评价，而且，某一基因可能在某一病原中是毒力因子，而在其他病原或不同环境中未必就是。但是，如下所述的一些研究表明，这些方法可以帮助挑选出那些值得进一步研究的基因，因此，这些方法还普遍采用，希望将来对这些方法进一步程序化和准确化。随着对越来越多基因组进行的分析，这些方法在分析不同基因家族的成功率会越来越高。
基因组比较法寻找致病岛及其相关序列
20世纪80年代后期，自致病岛（pathogenicity island，PAI）首次在泌尿道致病性大肠杆菌基因组中被发现和命名以来，研究微生物致病作用的很多实验室对致病岛进行了深入研究。致病岛涉及两个有趣的现象：细菌的致病作用和基因的水平转移（horizontal gene transfer，HGT）。很多与致病有关的基因都是成串排列，而且越来越多的证据显示，这些基因簇起源于基因的水平转移。致病岛的概念可以扩展到其他遗传组分，这些遗传组分具有致病岛结构特征，但与毒力无关，因此，这些组分统称基因组岛（genomic island），如次级代谢岛、抗生素抗性岛、分泌岛。所有这些遗传组分可为生物提供功能优势，致病岛中的致病基因能促使微生物成功地感染人体。
| ISBN | 9787030156648 |
|---|---|
| 出版社 | 科学出版社 |
| 作者 | C.M.弗雷泽 (Claire M.Fraser) |
| 尺寸 | 16 |